当研究所は、初代所長である篠崎尚次博士が、東京慈恵会医科大学で血管生理学の研究に日光のハコネサンショウウオの幼生を使用するため、奥日光に採集に来ていたことから歴史が始まります。第二次世界大戦中に、東京立川にある陸軍航空医学研究所でハコネサンショウウオの幼生の外えらの観察により気圧の変化による血流や酸素飽和度の研究を行っていました。終戦を迎え当時、無医村であった中禅寺の町から診療を依頼され、時を同じくして尾瀬沼の水力発電のためのダム化や奥鬼怒スーパー林道計画が持ち上がりました。そこでこの地に診療所を開設すると共に、自然保護の大切さを訴えるため、我が国初の自然保護団体となる「日光の自然を守る会」の設立に携わり、自身の研究のために1970年に私設の研究所を設立しました。
1985年に米国ケンタッキー大学を卒業し帰国して私が当研究所の主任研究者として研究を開始し、中禅寺湖のマスの脳下垂体から抽出したホルモンを使い、世界初の人工産卵・人工授精にハコネサンショウウオで成功しまし、その後、この方法はヒトの不妊治療にも活かされるようになりました。自然保護では、「いろは坂」で産卵期にハコネサンショウウオが国道を横断し殺されるのを防ぐための施設の設置を栃木県から依頼され設計しました。繁殖期に華厳の滝周辺に移動する地点を調査し、移動流域の把握、降雨時の流水速度や流水量を計測して、移動するハコネサンショウウオが道路を横断しないための特殊な側溝の設計と設置、国道下を移動させるための収束枡と横断トンネルの設計を行い、世界初となる公道下の「サンショウウオ横断トンネル」が設置され、それまで数千尾のサンショウウオが毎年、轢殺されていた箇所で近年では、全く道路上での観察も確認されないまでになりました。
裏男体では、土石流による被害防止のため、砂防ダムが北関東最大のクロサンショウウオ繁殖地に建設されることになり、埋没する繁殖地を保護するための人工産卵池設置の依頼がありました。こちらもクロサンショウウオの行政とも連携した活動を行ってきました。
環境アセスメントも、東京電力の今市揚水式発電所、蛇尾川揚水式発電所、東武ワールドスクエア、本四連絡橋等、数多くの調査と両生類保護の活動を行ってきました。特に、開発に伴う両生類の繁殖・保護活動を積極的に行い、希少生物である多くの両生類保護活動のコンサルティングを数多く行っています。
これらのミッションを持つ当研究所では、生物学・医学の研究を実施し、特にアカハライモリの持つ再生能力に着目した再生医療の研究に重点を置いています。目の角膜に正常状態で血管のあるオオサンショウウオの研究から、世界で初めて体細胞幹細胞（ステムセル）を発見し（1999年 NEJM）、人間の角膜の患者さんの治療に成功しました。1993年に一旦、当館は閉鎖され、東京歯科大学市川総合病院に角膜センターを設立、約30年間で8000例を超える角膜移植を行い、また、腎臓、肝臓、脳などの再生医療研究を行なっています。脳の再生医療研究から、現在はベトナムや韓国での再生医療法の整備、研究支援事業、共同研究を行っています。
日本両生類研究所の活動は、皆様からのご協力により支えられております。特に当施設の活動にご賛同頂ける皆様に、３種類のメンバーシップを用意しております。
メンバーシップには、自然保護活動や両生類好きの方々のための「サラマンダークラブ（Salamander Club）」、発生・再生学を中心に学術的な活動にご興味のある方の「ニュートクラブ（Newt Club）」、その双方にご興味のある方には「日光アカデミークラブ」があり、状況共有や活動にご参加頂けます。研究所の支援として、ぜひご参加ください。年に数回、新しい仲間達、所長のひとこと、催し物のご案内などを配信するメールマガジンもご送付させて頂いております。
日本両棲類研究所は私設の研究所です。大学、研究機関との共同研究、公的、民間の環境アセスメント事業などを行なっております。また、皆様からのご寄付やメンバーとなりご支援により当研究所の活動を支えられております。是非、豊かな自然の保護活動や環境保全、更には再生医療の研究、国際貢献活動などにご支援頂けますようお願い申し上げます。